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scClassify
DOI:10.18129 / B9.bioc.scClassify
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scClassify。
scClassify:单细胞分层分类
Bioconductor版本:3.15
scClassify是单细胞RNA-seq数据的多尺度分类框架基于整体学习和细胞类型层次结构,使所需样本量估计准确的细胞类型分类和联合细胞分类使用多个引用。
作者:Yingxin林
维护人员:林Yingxin < Yingxin。林在sydney.edu.au >
从内部引用(R,回车引用(“scClassify”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scClassify”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“scClassify”)
| HTML | R脚本 | pretrainedModel |
| HTML | R脚本 | scClassify |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 分类,GeneExpression,SingleCell,软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.0) |
| 进口 | S4Vectors,limma,ggraph,igraph、方法、集群,minpack.lm,mixtools,BiocParallel,代理,proxyC,矩阵,ggplot2,hopach,diptest,mgcv、统计数据、图表、statmod,Cepo |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,pkgdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/SydneyBioX/scClassify/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | scClassify_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scClassify_1.8.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | scClassify_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scClassify |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scClassify |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scClassify/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
