ropls

DOI:10.18129 / B9.bioc.ropls

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ropls。

主成分分析,请(- da)和OPLS (- da)多元组学数据的分析和特征选择

Bioconductor版本:3.15

潜变量模型和主成分分析(PCA)和偏最小二乘(PLS)强大的可视化方法,回归,分类,特征选择的组学数据变量的数量超过了样本的数量和变量之间的多重共线性。正交偏最小二乘(OPLS)允许单独模型变化(预测)感兴趣的因素相关和不相关的(正交)的变化。请在执行类似,OPLS有助于解释。这些化学计量学技术成功的应用包括光谱数据,如拉曼光谱、核磁共振(NMR)、质谱(MS)在代谢组学和蛋白质组学,而且转录组数据。除了分数外,载荷重量块,包提供度量和图形来确定最优数量的组件(如R2和Q2系数),检查模型的有效性通过排列测试,检测异常值,并进行特征选择(如变量投影重要性或回归系数)。包可以通过用户界面访问Workflow4Metabolomics.org的在线资源计算代谢组学(建立在银河系环境)。

作者:艾蒂安a Thevenot (aut (cre)

维修工:艾蒂安a Thevenot <艾蒂安。在cea.fr thevenot >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ropls”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“ropls”)

HTML	R脚本	ropls-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,ImmunoOncology,Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,PrincipalComponent,蛋白质组学,回归,软件,转录组
版本	1.28.2
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7年)
许可证	CeCILL
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Biobase、图形、grDevices方法、统计数据MultiAssayExperiment,MultiDataSet,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,knitr,乘,omicade4,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.5b00354
取决于我
进口我	亚瑟士,biosigner,lipidr,MultiBaC,proFIA,rqt
建议我	自治,ptairMS,structToolbox
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ropls_1.28.2.tar.gz
Windows二进制	ropls_1.28.2.zip
macOS二进制(x86_64)	ropls_1.28.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ropls
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ropls
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ropls/
包下载报告	下载数据