rWikiPathways

DOI:10.18129 / B9.bioc.rWikiPathways

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rWikiPathways

rWikiPathways - R WikiPathways API客户端库

Bioconductor版本:3.15

使用这个包与WikiPathways API接口。它提供了编程访问WikiPathways内容在多个数据和图像格式,包括月度发布官方文件和格林尼治时间方便读/写功能。

作者:大多Willighagen (aut (cre),亚历克斯Pico (aut)

维护人员:大多Willighagen <大多。在gmail.com willighagen >

从内部引用(R,回车引用(“rWikiPathways”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rWikiPathways”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rWikiPathways”)

HTML R脚本 1。概述
HTML R脚本 2。rWikiPathways和BridgeDbR
HTML R脚本 3所示。rWikiPathways和RCy3
HTML R脚本 4所示。路径分析
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GraphAndNetwork,代谢组学,网络,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口 httr跑龙套,XML,rjson,data.table,tidyr,RCurl
链接
建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/wikipathways/rwikipathways
BugReports https://github.com/wikipathways/rwikipathways/issues
取决于我
进口我 famat,multiSight,NoRCE,TimiRGeN
建议我 TRONCO
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 rWikiPathways_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 rWikiPathways_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64) rWikiPathways_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rWikiPathways
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rWikiPathways
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rWikiPathways/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网