rScudo

DOI:10.18129 / B9.bioc.rScudo

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rScudo

基于签名的集群用于诊断目的

Bioconductor版本:3.15

斯库多(诊断基于签名的集群)是一个rank-based基因表达谱的分析方法用于诊断和分类。它是基于sample-specific基因的识别签名组成的,下调基因样本。从基因表达数据,函数在这个包中识别sample-specific基因签名和使用它们来构建一个样品图。本图样本加入到边缘是否有类似的表达谱,根据预先计算相似性矩阵。表达谱的两个样本之间的相似性计算使用方法类似于GSEA。样品的图像可以用于执行社区集群或执行监督分类样本的测试集。

作者:Matteo Ciciani (aut (cre),托马斯Cantore (aut),艾瑞卡Colasurdo[所有],马里奥Lauria(施)

维护人员:Matteo Ciciani <马特奥。在gmail.com ciciani >

从内部引用(R,回车引用(“rScudo”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rScudo”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rScudo”)

HTML R脚本 基于签名的集群用于诊断目的
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiomedicalInformatics,分类,聚类,DifferentialExpression,FeatureExtraction,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,蛋白质组学,软件,SystemsBiology,转录组
版本 1.12.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6)
进口 方法、统计数据igraph,stringrgrDevices,Biobase,S4Vectors,SummarizedExperiment,BiocGenerics
链接
建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,所有,RCy3,脱字符号,e1071平行,doParallel
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo
BugReports https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 rScudo_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 rScudo_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) rScudo_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rScudo
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rScudo
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rScudo/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网