quantiseqr

DOI:10.18129 / B9.bioc.quantiseqr

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅quantiseqr。

从RNA-seq数据量化的肿瘤免疫组织

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了一个简化工作流quanTIseq方法,开发执行量化RNA-seq肿瘤免疫组织的数据。对TIL10签名进行量化(解剖的贡献十免疫细胞类型),精心从人类RNA-seq样本的集合。TIL10签名已经广泛使用模拟验证,流式细胞术和免疫组织化学数据。

作者:费德里科•马里尼(aut (cre),弗朗西斯卡Finotello (aut)

维护人员:费德里科•马里尼< marinif在uni-mainz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“quantiseqr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	使用quantiseqr
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,分类,ExperimentHubSoftware,FeatureExtraction,FlowCytometry,GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,测序,软件,StatisticalMethod,转录,转录组,可视化
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Biobase,limSolve,质量、方法、preprocessCore统计数据,SummarizedExperiment,ggplot2,tidyr,rlang,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,BiocStyle,dplyr,ExperimentHub,GEOquery,knitr,巨噬细胞,org.Hs.eg.db,reshape2,rmarkdown,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
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进口我	更容易
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	quantiseqr_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	quantiseqr_1.4.1.zip
macOS二进制(x86_64)	quantiseqr_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quantiseqr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ quantiseqr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/quantiseqr/
包下载报告	下载数据