后代
DOI:10.18129 / B9.bioc.progeny
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅后代。
从基因表达通路响应基因活动推理
Bioconductor版本:3.15
后代是资源利用公开的大纲要信号扰动实验产生共同的核心途径反应人类和小鼠的基因。这些,加上任何统计方法,可以用来推断通路从散装或单细胞转录组的活动。
作者:迈克尔·舒伯特(aut),阿尔贝托Valdeolivas(施)
、基督教h .荷兰(施),伊戈尔Bulanov[所有],Aurelien Dugourd (cre,施莱)
维护人员:Aurelien Dugourd < Aurelien。在bioquant.uni-heidelberg.de dugourd >
从内部引用(R,回车引用(“后代”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“后代”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“后代”)
| HTML | R脚本 | 后代通路签名 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,软件,SystemsBiology |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5年) |
| 许可证 | Apache许可(= = 2.0)|文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.6.0) |
| 进口 | Biobase统计数据,dplyr,tidyr,ggplot2,ggrepel,gridExtra,解耦,reshape2 |
| 链接 | |
| 建议 | 气道,biomaRt,BiocFileCache,扫帚,修拉,SingleCellExperiment,DESeq2,BiocStyle,knitr,readr,readxl,pheatmap,宠物猫,rmarkdown,testthat(> = 2.1.0的) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/saezlab/progeny |
| BugReports | https://github.com/saezlab/progeny/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 更容易 |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | progeny_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | progeny_1.18.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | progeny_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/progeny |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/后代 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/progeny/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
