高伦雅芙

DOI:10.18129 / B9.bioc.proActiv

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅高伦雅芙。

从RNA-Seq数据估计子活动

Bioconductor版本:3.15

大多数人类基因有多个启动子控制不同亚型的表达。这些替代促进剂的使用使同种型表达式pre-transcriptionally的规定。替代促进剂被发现是重要的在一个广泛的细胞类型和疾病。高伦雅芙是R包,使从RNA-seq数据分析启动子。高伦雅芙使用对齐读取作为输入,并生成计数和规范化推广活动估计为每个注释的启动子。特别是,高伦雅芙接受从TopHat2结文件或明星或BAM文件作为输入。这些估计可以用于识别启动子是活跃的,发起人是不活跃的,发起人在条件改变他们的活动。高伦雅芙还允许可视化的启动子活性的条件。

作者:Deniz Demircioglu (aut)Jonathan Goke (aut),约瑟夫·李(cre)

维护人员:约瑟夫·李<约瑟夫。李在u.nus.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“高伦雅芙”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“高伦雅芙”)

HTML	R脚本	识别积极和替代促进剂与高伦雅芙RNA-Seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,预处理,RNASeq,软件,转录,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	AnnotationDbi,BiocParallel,data.table,dplyr,DESeq2,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,ggplot2,gplots、图形的方法,rlang,尺度,S4Vectors,SummarizedExperiment统计数据,宠物猫
链接
建议	testthat,rmarkdown,knitr,Rtsne,gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GoekeLab/proActiv
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	proActiv_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	proActiv_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	proActiv_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proActiv
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/高伦雅芙
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proActiv/
包下载报告	下载数据