phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅phyloseq

高产微生物普查数据处理和分析

Bioconductor版本:3.15

phyloseq提供了一组类和工具来促进进口、储存、分析和微生物的人口普查数据的图形化显示。

作者:保罗·j·McMurdie < joey711 gmail.com >,苏珊•福尔摩斯苏珊< stat.stanford.edu >格雷戈里·斯科特乔丹和张伯伦的贡献

维护人员:Paul j . McMurdie < joey711 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“phyloseq”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“phyloseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML R脚本 phyloseq和DESeq2大肠癌数据
HTML R脚本 phyloseq基本装饰图案
HTML R脚本 phyloseq常见问题(FAQ)
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类,聚类,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,测序,软件
版本 1.40.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(10.5年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (> = 3.3.0)
进口 ade4(> = 1.7 - 4),(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(> = 1.0.1)、方法(> = 3.3.0),(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.5)
链接
建议 BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),magrittr(> = 1.5),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了 doParallel(> = 1.0.10)
URL http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports https://github.com/joey711/phyloseq/issues
取决于我 微生物组,SIAMCAT
进口我 benchdamic,结合,HMP2Data,MBECS,metavizr,microbiomeDASim,microbiomeMarker,PathoStat,完美的,RCM,reconsi,,SPsimSeq
建议我 CBEA,decontam,HMP16SData,米娅,MicrobiotaProcess,MMUPHin,philr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 phyloseq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 phyloseq_1.40.0.zip
macOS二进制(x86_64) phyloseq_1.40.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phyloseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
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