phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅phyloseq。

高产微生物普查数据处理和分析

Bioconductor版本:3.15

phyloseq提供了一组类和工具来促进进口、储存、分析和微生物的人口普查数据的图形化显示。

作者:保罗·j·McMurdie < joey711 gmail.com >,苏珊•福尔摩斯苏珊< stat.stanford.edu >格雷戈里·斯科特乔丹和张伯伦的贡献

维护人员:Paul j . McMurdie < joey711 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“phyloseq”)

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文档

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文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,测序,软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	ade4(> = 1.7 - 4),猿(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(> = 1.0.1)、方法(> = 3.3.0),乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.5)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),magrittr(> = 1.5),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.10)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
取决于我	微生物组,SIAMCAT
进口我	benchdamic,结合,HMP2Data,MBECS,metavizr,microbiomeDASim,microbiomeMarker,PathoStat,完美的,RCM,reconsi,战,SPsimSeq
建议我	CBEA,decontam,HMP16SData,米娅,MicrobiotaProcess,MMUPHin,philr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	phyloseq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.40.0.zip
macOS二进制(x86_64)	phyloseq_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phyloseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
包下载报告	下载数据