orthogene

DOI:10.18129 / B9.bioc.orthogene

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅orthogene。

种间基因图谱

Bioconductor版本:3.15

orthogene R包简单的映射在数百种同源基因。它把最新的种间基因直接同源映射在700 +生物。它还提供了各种实用函数映射常见对象(例如data.frames、基因表达矩阵、列表)到1:1从任何其他物种基因直接同源。

作者:布莱恩席尔德(cre)

维护人员:布莱恩席尔德< brian_schilder alumni.brown.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“orthogene”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“orthogene”)

HTML	R脚本	码头工人
HTML	R脚本	推断物种
HTML	R脚本	orthogene
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,GeneExpression,遗传学,系统发生学,预处理,软件,转录组
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr、方法、统计跑龙套,矩阵,jsonlite,homologene,gprofiler2,babelgene,data.table平行,ggplot2,ggpubr,拼接而成,DelayedArray,DelayedMatrixStatsMatrix.utils,嗯……,repmis,ggtree、工具
链接
建议	遥控器,knitr,BiocStyle,covr,减价,rmarkdown,在这里,testthat(> = 3.0.0),肩扛,獾,魔法,desc,hrbrthemes,开罗,yulab.utils,还,GenomeInfoDbData,猿,phytools,rphylopic,TreeTools,RColorBrewer,ggimage
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/orthogene
BugReports	https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues
取决于我
进口我	EWCE
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	orthogene_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	orthogene_1.2.1.zip
macOS二进制(x86_64)	orthogene_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orthogene
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ orthogene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/orthogene/
包下载报告	下载数据