oposSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.oposSOM

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅oposSOM。

转录组数据的综合分析

Bioconductor版本:3.15

这个包将芯片表达数据转换为降低了维数的元数据。它提供了各种sample-centered和团体可视化,样本相似性分析和功能富集分析。底层的SOM聚类算法结合特性,多维标度和降维,以及强大的可视化功能。它使固有的功能表达模块提取和描述数据。

作者:亨利Loeffler-Wirth izbi.uni-leipzig.de > < wirth,黄平君Thanh Le <勒在izbi.uni-leipzig.de >和马丁Kalcher < mkalcher porkbox.net >

维护人员:亨利Loeffler-Wirth < wirth在izbi.uni-leipzig.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“oposSOM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“oposSOM”)

PDF	R脚本	oposSOM用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件,可视化
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0.0),igraph(> = 1.0.0)
进口	fastICA,tsne,scatterplot3d,象图,fdrtool,猿,biomaRt,Biobase,RcppParallel,Rcpp、方法、图,XML,png,RCurl
链接	RcppParallel,Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://som.izbi.uni-leipzig.de
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	oposSOM_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	oposSOM_2.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	oposSOM_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oposSOM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ oposSOM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oposSOM/
包下载报告	下载数据