nnSVG

DOI:10.18129 / B9.bioc.nnSVG

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅nnSVG。

可伸缩的空间变量的识别基因在转录组数据

Bioconductor版本:3.15

可伸缩的方法识别空间变量的基因(svg)在转录组数据。该方法是基于近邻高斯过程及使用BRISC算法模型拟合和参数估计。允许识别和svg与灵活的长度尺度跨组织的排名下滑或在空间域定义为协变量。线性扩展的空间位置和数量可以应用于数据集包含数千或多个空间位置。

作者:卢卡斯·m·韦伯(aut (cre),斯蒂芬妮·c·希克斯(aut)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nnSVG”)

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文档

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HTML	R脚本	nnSVG教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,预处理,SingleCell,软件,空间,转录组
版本	1.0.4
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	SpatialExperiment,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,BRISC,BiocParallel,矩阵,matrixStats,统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,STexampleData,食物,ggplot2,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/nnSVG
BugReports	https://github.com/lmweber/nnSVG/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nnSVG_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	nnSVG_1.0.4.zip
macOS二进制(x86_64)	nnSVG_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nnSVG
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nnSVG
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nnSVG/
包下载报告	下载数据