multiGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiGSEA

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multiGSEA。

GSEA-based通路富集结合多组学数据集成

Bioconductor版本:3.15

从途径来自8个不同的数据库中提取特征(KEGG, Reactome、Biocarta等)可用于转录组、蛋白质组学和/或代谢组学水平计算结合GSEA-based浓缩得分。

作者:塞巴斯蒂安Canzler (aut (cre),Jorg Hackermuller (aut)

维护人员:塞巴斯蒂安Canzler <塞巴斯蒂安。在ufz.de canzler >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“multiGSEA”)

HTML	R脚本	multiGSEA.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta,GeneSetEnrichment,通路,Reactome,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	magrittr,石墨,AnnotationDbi,dplyr,fgsea,metap,rappdirs,rlang、方法
链接
建议	org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Xl.eg.db,org.Cf.eg.db,metaboliteIDmapping,knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yigbt/multiGSEA
BugReports	https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	multiGSEA_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	multiGSEA_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	multiGSEA_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiGSEA/
包下载报告	下载数据