msqrob2

DOI:10.18129 / B9.bioc.msqrob2

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msqrob2。

健壮的统计推断为定量质蛋白质组学

Bioconductor版本:3.15

msqrob2为评估提供了一个健壮的线性混合模型框架微分丰富MS-based定量蛋白质组学实验。我们的工作流可以从生肽强度或总结蛋白质表达的价值观。模型参数估计可以用岭回归稳定,经验贝叶斯估计和方差M-estimation强劲。msqrob2 hurde工作流可以处理缺失数据,而无需依靠很难核实归罪假设,,比最先进的方法,没有高低missingness非难。它建立在QFeature基础设施为定量质谱数据一起存储模型结果与原始数据预处理的数据。

作者:列文克莱门特(aut (cre)。劳伦与(aut),奥利弗·m·克鲁克(aut)Goeminne Adriaan贴纸(施),大家(施),米兰Malfait(施),Stijn Vandenbulcke (aut)

维护人员:列文克莱门特<列文。克莱门特在ugent.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msqrob2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“msqrob2”)

HTML	R脚本	答:label-free工作流与两组设计
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ExperimentalDesign,ImmunoOncology,MassSpectrometry,MultipleComparison,归一化,预处理,蛋白质组学,回归,软件,TimeCourse
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),QFeatures(> = 1.1.2)
进口	统计数据、方法lme4,purrr,BiocParallel,矩阵,质量,limma,SummarizedExperiment,codetools
链接
建议	multcomp,gridExtra,knitr,BiocStyle,RefManageR,sessioninfo,rmarkdown,testthat,tidyverse,情节,msdata,MSnbase,matrixStats,MsCoreUtils
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/statOmics/msqrob2
BugReports	https://github.com/statOmics/msqrob2/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	msqrob2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	msqrob2_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	msqrob2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msqrob2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msqrob2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msqrob2/
包下载报告	下载数据