msPurity

DOI:10.18129 / B9.bioc.msPurity

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msPurity。

自动评价前体离子纯度基于质谱碎片在代谢组学

Bioconductor版本:3.15

msPurity R包开发:1)评估碎片光谱的光谱质量评估“前体离子纯洁”。2)过程碎片光谱。3)执行光谱匹配。前体离子纯洁是什么?——我们称之为“前体离子纯洁”是一个衡量的贡献所选前体峰在一个隔离的窗口用于分裂。简单的计算涉及到选择前体峰的强度除以总强度的隔离窗。当评估MS / MS谱计算完成之前和之后的兴趣和纯洁的MS / MS扫描是在记录时间内插的MS / MS收购。此外,同位素峰可以删除、低丰度的山峰中,被认为是产生的MS / MS谱的贡献有限,质谱仪的分离效率可用于正常使用的强度计算。

作者:托马斯·n·劳森(aut (cre),拉尔夫·韦伯(施),马丁·琼斯(施),朱利安Saint-Vanne[所有],哪Jankevics[所有],马克Viant(黑色),沃里克邓恩(黑色)

维护人员:托马斯·n·劳森< thomas.nigel。劳森在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msPurity”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	msPurity
HTML	R脚本	msPurity光谱数据库模式
HTML	R脚本	msPurity光谱匹配
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	Rcpp
进口	plyr,dplyr,dbplyr,magrittr,foreach平行,doSNOW,stringr,mzR,reshape2,fastcluster,ggplot2,DBI,RSQLite
链接
建议	MSnbase,testthat,xcms,BiocStyle,knitr,rmarkdown,msPurityData,相机,RPostgres,RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/
BugReports	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/new
取决于我
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包档案

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源包	msPurity_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	msPurity_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	msPurity_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msPurity
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msPurity
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msPurity/
包下载报告	下载数据