msImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.msImpute

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msImpute

label-free质谱肽的污名

Bioconductor版本:3.15

MsImpute是归责的包肽强度的蛋白质组学实验。它还包含工具3月/ MNAR扭曲的诊断和评估的概率分布数据归责。缺失的值是由底层数据矩阵的低秩近似估算如果他们3月(方法=“v2”),通过重心方法如果missingness MNAR (“v2-mnar”),或通过肽身份传播(PIP)。

作者:Soroor Hediyeh-zadeh (aut (cre)

维护人员:Soroor Hediyeh-zadeh < hediyehzadeh。年代在wehi.edu.au >

从内部引用(R,回车引用(“msImpute”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msImpute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“msImpute”)

HTML R脚本 msImpute:蛋白质组学缺失值归责和诊断
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文本 新闻

细节

biocViews MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 softImpute、方法、数据、图形、pdist,网状,食物,data.table,模糊神经网络,matrixStats,limma,mvtnorm,tidyr,dplyr
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,ComplexHeatmap,imputeLCMD
SystemRequirements python
增强了
URL
BugReports https://github.com/DavisLaboratory/msImpute/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 msImpute_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 msImpute_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) msImpute_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msImpute
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msImpute
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/msImpute/
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