这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅microbiomeExplorer。
Bioconductor版本:3.15
MicrobiomeExplorer R包旨在促进调查标志基因功能的分析和可视化数据。它允许用户执行和可视化典型微生物分析工作流通过命令行或交互式的应用程序包含在包中。除了应用共同分析工作流应用程序支持自动分析报告生成。
作者:约瑟夫·保尔森(aut),怪不得我里德(aut (cre),莫黄(aut),基因泰克(cph,曾经)
维护人员:怪不得我里德< reederj1 gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“microbiomeExplorer”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“microbiomeExplorer”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“microbiomeExplorer”)
HTML | R脚本 | microbiomeExplorer |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.6.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | 闪亮的,magrittr,metagenomeSeq,Biobase |
进口 | shinyjs(> = 2.0.0),shinydashboard,shinycssloaders,shinyWidgets,rmarkdown(> = 1.9.0),DESeq2,RColorBrewer,dplyr,tidyr,purrr,rlang,knitr,readr,DT(> = 0.12.0),biomformat、工具、stringr,素食主义者,matrixStats,的热图,车,扫帚,limma,reshape2,宠物猫,forcats,lubridate、方法、情节(> = 4.9.1) |
链接 | |
建议 | V8,testthat(> = 2.1.0的) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | microbiomeExplorer_1.6.1.tar.gz |
Windows二进制 | microbiomeExplorer_1.6.1.zip |
macOS二进制(x86_64) | microbiomeExplorer_1.6.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeExplorer |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ microbiomeExplorer |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeExplorer/ |
包下载报告 | 下载数据 |