miaSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.miaSim

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅miaSim。

微生物组数据模拟

Bioconductor版本:3.15

微生物与广义生态模型时间序列模拟自发形成的不稳定(SOI),和其他模型。哈贝尔的中性模型用于确定丰度矩阵。由此产生的大量矩阵应用于SummarizedExperiment或TreeSummarizedExperiment对象。

作者:Karoline浮士德(aut),余高(aut),艾玛Gheysen (aut),丹尼尔·里奥斯加尔萨(aut) Yagmur姆塞克(cre, aut),狮子座拉赫蒂(aut)

维护人员:Yagmur西姆西可< Yagmur。西姆西可在hsrw.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“miaSim”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“miaSim”)

HTML	R脚本	miaSim
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,报道,DNASeq,微生物组,网络,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可证
取决于	SummarizedExperiment,TreeSummarizedExperiment
进口	deSolve统计数据,poweRlaw,gtools,S4Vectors,MatrixGenerics
链接
建议	rmarkdown,knitr,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/microbiome/miaSim
BugReports	https://github.com/microbiome/miaSim/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	miaSim_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	miaSim_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	miaSim_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaSim
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ miaSim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miaSim/
包下载报告	下载数据