mbkmeans

DOI:10.18129 / B9.bioc.mbkmeans

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mbkmeans。

为单细胞RNA-seq Mini-batch k - means聚类

Bioconductor版本:3.15

实现了mini-batch k - means算法对于大数据集,包括支持磁盘上的数据表示。

作者:Yuwei)倪(aut (cph),大卫。Risso (cre aut, cph],斯蒂芬妮·希克斯(aut (cph),伊丽莎白Purdom (aut (cph)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mbkmeans”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mbkmeans”)

HTML	R脚本	mbkmeans装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法,DelayedArray,Rcpp,S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,ClusterR,benchmarkme,矩阵,BiocParallel
链接	Rcpp,RcppArmadillo(> = 0.7.2),Rhdf5lib,beachmat,ClusterR
建议	beachmat,HDF5Array,Rhdf5lib,BiocStyle,TENxPBMCData,嘘,DelayedMatrixStats,咆哮,knitr,testthat,rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drisso/mbkmeans/issues
取决于我	OSCA.basic
进口我	clusterExperiment
建议我	咆哮,scDblFinder
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mbkmeans_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	mbkmeans_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	mbkmeans_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mbkmeans
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mbkmeans
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mbkmeans/
包下载报告	下载数据