lineagespot

DOI:10.18129 / B9.bioc.lineagespot

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅lineagespot。

检测SARS-CoV-2血统废水样品中使用下一代测序

Bioconductor版本:3.15

Lineagespot R编写的一个框架,旨在识别SARS-CoV-2相关突变基于单个(或列表)的变体(s)文件(s)(即。调用格式),变体。检测的方法可以促进SARS-CoV-2血统废水样品中使用下一代测序,并试图推断SARS-CoV-2血统的电位分布。

作者:Nikolaos Pechlivanis (aut (cre)玛丽亚,玛丽亚Tsagiopoulou (aut),克里斯蒂娜Maniou (aut) Anastasis Togkousidis (aut) Evangelia Mouchtaropoulou (aut) Taxiarchis Chassalevris (aut) Serafeim Chaintoutis (aut) Chrysostomos Dovas (aut),玛丽亚Petala (aut) Margaritis Kostoglou (aut) Thodoris Karapantsios (aut) Stamatia Laidou (aut) Elisavet Vlachonikola (aut),阿斯帕西娅Orfanou (aut) Styliani-Christina Fragkouli (aut) Sofoklis Keisaris (aut),阿纳斯塔西娅Chatzidimitriou (aut),世界帕帕多普洛斯(aut) Nikolaos Papaioannou (aut) Anagnostis Argiriou (aut) Fotis大肠Psomopoulos (aut)

维护人员:Nikolaos Pechlivanis < nikosp41 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“lineagespot”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lineagespot”)

HTML	R脚本	lineagespot用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	VariantAnnotation,MatrixGenerics,SummarizedExperiment,data.table,stringr,httr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,RefManageR,rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot
BugReports	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lineagespot_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	lineagespot_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	lineagespot_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lineagespot
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lineagespot
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lineagespot/
包下载报告	下载数据