这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅lefser。
Bioconductor版本:3.15
lefser R的一个实现流行“LDA效应大小(LEfSe)”方法,微生物生物标志物的发现。它使用克鲁斯卡尔-沃利斯检验,Wilcoxon-Rank和测试,和线性判别分析,找到组织和群体的生物标志物。
作者:Asya Khleborodova (cre, aut],路德维希Geistlinger[所有],马塞尔•拉莫斯(施)利未,沃尔德伦(施)
维护人员:Asya Khleborodova < Asya。在gmail.com bioconductor >
从内部引用(R,回车引用(“lefser”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“lefser”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“lefser”)
HTML | R脚本 | 介绍lefser R LEfSE软件的实现生物标志物发现微生物分析。 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,DifferentialExpression,微生物组,测序,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | SummarizedExperimentR (> = 4.0.0) |
进口 | 硬币,质量,ggplot2、统计数据、方法 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,curatedMetagenomicData,BiocStyle,testthat,pkgdown,covr,withr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/waldronlab/lefser |
BugReports | https://github.com/waldronlab/lefser/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | lefser_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | lefser_1.6.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | lefser_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lefser |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/lefser/ |
包下载报告 | 下载数据 |