爱马仕

DOI:10.18129 / B9.bioc.hermes

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅爱马仕。

RNA-seq数据的预处理、分析和报告

Bioconductor版本:3.15

提供了质量控制类和函数、过滤、规范化和微分表达式分析预处理RNA-seq数据。数据可以从“SummarizedExperiment”以及进口“矩阵”对象和可以从BioMart注释。过滤所需基因没有过低表达或包含注释,以及过滤样品有足够的相关支持其他样品或读取的总数。标准归一化方法包括“cpm”,可以使用“rpkm”和“tpm”,和“DESeq2”以及“轰”微分表达式分析是可用的。

作者:丹尼尔·萨班Bove (aut (cre),帕迪巴蒂亚(aut),斯蒂芬妮Bienert (aut) Benoit Falquet (aut),昊诚李(aut),杰夫陈德良(aut) Lyndsee美岛绿张(aut),西蒙娜Rossomanno (aut)蒂姆Treis (aut),马克燕(aut),拿俄米Chang (aut) Chendi廖(aut),卡洛琳张(aut),约瑟夫·n·保尔森(aut)

维修工:丹尼尔萨班Bove <丹尼尔。在roche.com sabanes_bove >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“爱马仕”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“爱马仕”)

HTML	R脚本	介绍“爱马仕”
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	Apache 2.0许可|文件许可证
取决于	ggfortifyR (> = 4.1),SummarizedExperiment(> = 1.16)
进口	为了,biomaRt,Biobase,BiocGenerics,使彻底失败(> = 2.1),circlize,ComplexHeatmap,DESeq2,dplyr,刨边机,EnvStats,forcats,GenomicRanges,ggplot2,ggrepel(> = 0.9),IRanges,生命周期,limma,magrittr,matrixStats、方法、MultiAssayExperiment,purrr,R6,Rdpack,rlang统计数据,S4Vectors,tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,DelayedArray,DT、网格httr,knitr,rmarkdown,statmod,testthat(> = 2.0),vdiffr,withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/insightsengineering/hermes/
BugReports	https://github.com/insightsengineering/hermes/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hermes_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	hermes_1.0.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	hermes_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hermes
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:爱马仕包/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hermes/
包下载报告	下载数据