goSTAG

DOI:10.18129 / B9.bioc.goSTAG

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅goSTAG。

使用工具去子树在一组标记和注释的基因

Bioconductor版本:3.15

基因列表来自基因组分析的结果富含生物信息。例如,(度)的差异表达基因微阵列或RNA-Seq分析相关功能的响应治疗或条件。基因列表可以大小不同,几千个基因,根据扰动的鲁棒性和广泛的不同在生理上的条件。有一种关联生物之间的亲缘和成千上万的基因系统是不切实际的手动管理每个基因的注释和功能。代表比例分析(ORA)开发的基因识别生物主题。给定一个基因本体论(去)和注释的基因表明类别适合每一个,代表的意义本体论范畴内的基因是由确切概率法或根据超几何分布建模。比较丰富生物类别的少数几个样品是可控的使用维恩图或者其他手段来评估重叠。然而,成百上千的丰富类别和许多样品,比较费力。此外,如果有丰富的类别之间共享样本,试图代表着他们一个共同的主题是非常主观的。goSTAG使用去子树内标记和注释的基因集goSTAG可视化代表之间的相似度的聚类浓缩的假定值统计测试和标签与GO术语集群最根路径生成的子树内的所有术语集群中去。

作者:布莱恩·d·班尼特和皮埃尔·r·蒲式耳

维修工:布莱恩·d·贝内特<布莱恩。贝内特在nih.gov >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“goSTAG”)

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HTML	R脚本	goSTAG用户指南
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细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,软件,可视化,mRNAMicroarray
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	AnnotationDbi,biomaRt,GO.db、图形、memoise统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
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包档案

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源包	goSTAG_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	goSTAG_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	goSTAG_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/goSTAG
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ goSTAG
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/goSTAG/
包下载报告	下载数据