glmGamPoi

DOI:10.18129 / B9.bioc.glmGamPoi

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅glmGamPoi

适合Gamma-Poisson广义线性模型

Bioconductor版本:3.15

符合线性模型overdispersed计数数据。包可以估计overdispersion和适合重复模式矩阵的输入。输入它的目的是处理大型数据集时通常发生在单细胞RNA-seq实验。

作者:江诗丹顿Ahlmann-Eltze (aut (cre)迈克尔·爱(施)

维护人员:江诗丹顿Ahlmann-Eltze < artjom31415 googlemail.com >

从内部引用(R,回车引用(“glmGamPoi”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“glmGamPoi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“glmGamPoi”)

HTML R脚本 glmGamPoi快速入门
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews RNASeq,回归,SingleCell,软件
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于
进口 Rcpp,DelayedMatrixStats,matrixStats,DelayedArray,HDF5Array,SummarizedExperiment,BiocGenerics、方法、统计跑龙套,样条函数
链接 Rcpp,RcppArmadillo,beachmat
建议 testthat(> =魅惑,动物园,DESeq2,刨边机,limma,beachmat,质量,statmod,ggplot2,板凳上,BiocParallel,knitr,rmarkdown,BiocStyle,TENxPBMCData,muscData,食物
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/const-ae/glmGamPoi
BugReports https://github.com/const-ae/glmGamPoi/issues
取决于我
进口我 transformGamPoi
建议我 DESeq2
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 glmGamPoi_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 glmGamPoi_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64) glmGamPoi_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmGamPoi
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ glmGamPoi
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/glmGamPoi/
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