ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ggtree。

R包树和注释数据的可视化

Bioconductor版本:3.15

“ggtree”扩展了“ggplot2”绘图系统,实现图像的语法。“ggtree”是专为可视化和注释注释的系统发育树和其他树状结构数据。

作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]黑色,汤米Tsan-Yuk Lam (aut), Shuangbin徐(aut)林、李(施),布拉德利·琼斯(施)贾斯汀·西尔弗曼(施),Watal m . Iwasaki[所有],永和夏[所有],Ruizhu黄(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggtree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggtree”)

HTML	R脚本	ggtree
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,注释,聚类,DataImport,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,ReproducibleResearch,软件,可视化
版本	3.4.4
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	猿,aplot,dplyr,ggplot2(> = 3.0.0)、网格magrittr、方法、purrr,rlang,ggfun(> = 0.0.6),yulab.utils,tidyr,tidytree(> = 0.3.9),treeio(> = 1.8.0),跑龙套,尺度
链接
建议	emojifont,ggimage,ggplotify,shadowtextgrDevices,knitr,prettydoc,rmarkdown统计数据,testthat,宠物猫,胶水
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书)http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 - 210 x.12628(纸)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues
取决于我	tanggle
进口我	cogeqc,enrichplot,ggmsa,ggtreeExtra,LinTInd,LymphoSeq,miaViz,microbiomeMarker,MicrobiotaProcess,orthogene,philr,singleCellTK,sitePath,systemPipeTools,treekoR
建议我	compcodeR,TreeAndLeaf,treeio,TreeSummarizedExperiment,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggtree_3.4.4.tar.gz
Windows二进制	ggtree_3.4.4.zip
macOS二进制(x86_64)	ggtree_3.4.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggtree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/
包下载报告	下载数据