geneplast

DOI:10.18129 / B9.bioc.geneplast

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅geneplast。

进化和塑性分析同源组

Bioconductor版本:3.15

Geneplast是专为进化和塑性分析基于同源组分布在一个给定的物种树。它使用香农信息论和直接同源丰度估计进化的塑性指数。此外,它实现了桥算法来确定一个给定的基因的进化根源基于其直接同源分布。

作者:罗德里戈Dalmolin,毛罗·卡斯特罗

维护人员:毛罗·卡斯特罗< mauro.a。卡斯特罗在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“geneplast”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“geneplast”)

HTML	R脚本	Geneplast:进化和塑性分析。加油
HTML	R脚本	Trefflich2019辅助材料。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,遗传学,软件,SystemsBiology
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 4.0),方法
进口	igraph,雪,猿grDevices图形,统计,跑龙套,data.table
链接
建议	研制,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown,Fletcher2013b,geneplast.data.string.v91,ggplot2,ggpubr,plyr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	geneplast.data,TreeAndLeaf
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	geneplast_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	geneplast_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	geneplast_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneplast
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ geneplast
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneplast/
包下载报告	下载数据