exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅exomePeak2。

和微分分析呼吁MeRIP-Seq峰值

Bioconductor版本:3.15

exomePeak2 RNA免疫沉淀反应为甲基化提供了峰值检测和微分甲基化测序(MeRIP-Seq)数据。MeRIP-Seq通常应用测序分析,测量位置和丰富的RNA修改网站特定细胞的条件下。在实践中,对PCR扩增技术是敏感的偏见在门店数据。此外,免疫沉淀反应的效率往往有所不同IP样本。exomePeak2可以执行峰打电话和微分分析GC含量偏差和独立的知识产权效率的变化。

作者:魏甄(aut (cre)

维修工:魏甄<甄。在icloud.com wei10 >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“exomePeak2”)

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文档

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HTML	R脚本	exomePeak2用户指南
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文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialMethylation,DifferentialPeakCalling,MethylSeq,PeakDetection,RNASeq,测序,软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口	Rsamtools,GenomicAlignments,GenomicRanges,GenomicFeatures,DESeq2,ggplot2,mclust,BSgenome,Biostrings,GenomeInfoDb,BiocParallel,IRanges,S4Vectors,rtracklayer、方法、统计跑龙套,BiocGenerics,magrittr,speedglm,样条函数
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

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源包	exomePeak2_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	exomePeak2_1.8.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	exomePeak2_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomePeak2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomePeak2/
包下载报告	下载数据