eisaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.eisaR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅eisaR。

在R Exon-Intron分裂分析(EISA)

Bioconductor版本:3.15

Exon-intron分裂分析(EISA)使用普通RNA-seq数据来衡量变化在成熟的RNA和pre-mRNA读取不同实验条件量化转录和转录后调控基因的表达。详细信息请参阅Gaidatzis et al .,生物科技Nat》2015。doi: 10.1038 / nbt.3269。eisaR实现EISA的主要步骤。

作者:迈克尔·施(aut (cre) Dimos Gaidatzis (aut),卢卡斯汉堡(aut),夏洛特Soneson (aut)

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“eisaR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“eisaR”)

HTML	R脚本	生成参考文件与alignment-free拼接和unspliced丰度估计方法
HTML	R脚本	使用eisaR Exon-Intron分裂分析(EISA)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,RNASeq,回归,软件,转录,转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	图形、统计、GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,limma,刨边机、方法、SummarizedExperiment,BiocGenerics,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,QuasR,Rbowtie,Rhisat2,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,ensembldb,AnnotationDbi,GenomicFeatures,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/eisaR
BugReports	https://github.com/fmicompbio/eisaR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	eisaR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	eisaR_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	eisaR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eisaR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ eisaR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/eisaR/
包下载报告	下载数据