eisaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.eisaR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅eisaR

在R Exon-Intron分裂分析(EISA)

Bioconductor版本:3.15

Exon-intron分裂分析(EISA)使用普通RNA-seq数据来衡量变化在成熟的RNA和pre-mRNA读取不同实验条件量化转录和转录后调控基因的表达。详细信息请参阅Gaidatzis et al .,生物科技Nat》2015。doi: 10.1038 / nbt.3269。eisaR实现EISA的主要步骤。

作者:迈克尔·施(aut (cre) Dimos Gaidatzis (aut),卢卡斯汉堡(aut),夏洛特Soneson (aut)

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

从内部引用(R,回车引用(“eisaR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“eisaR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“eisaR”)

HTML R脚本 生成参考文件与alignment-free拼接和unspliced丰度估计方法
HTML R脚本 使用eisaR Exon-Intron分裂分析(EISA)
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,RNASeq,回归,软件,转录,转录组
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.1)
进口 图形、统计、GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,limma,刨边机、方法、SummarizedExperiment,BiocGenerics,跑龙套
链接
建议 knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,QuasR,Rbowtie,Rhisat2,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,ensembldb,AnnotationDbi,GenomicFeatures,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/fmicompbio/eisaR
BugReports https://github.com/fmicompbio/eisaR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 eisaR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 eisaR_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) eisaR_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eisaR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ eisaR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/eisaR/
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