dittoSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dittoSeq

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dittoSeq。

用户友好的单细胞和散装RNA序列可视化

Bioconductor版本:3.15

一个普遍的、用户友好的、单细胞和散装RNA序列可视化工具包允许高度可定制的色盲友好,可发布数据。dittoSeq接受SingleCellExperiment (SCE)和修对象,以及进口和使用,通过转换到一个大带宽,SummarizedExperiment或DGEList批量数据。可视化包括降维的阴谋,热图,散点图、百分比组成跨组织或表达,等等。定制范围从大小和标题调整自动生成注释的热图,轨迹分析的叠加到任何维度优待情节,隐藏数据叠加在光标悬停通过ggplotly转换,和许多更多。使用简单,离散输入。色盲友好是由传奇调整(增大键),并通过允许使用形状或者letter-overlay除了精心挑选dittoColors ()。

作者:丹尼尔Bunis (aut (cre),贾里德·安德鲁斯(aut,施莱)

维护人员:丹尼尔Bunis <丹尼尔。在ucsf.edu bunis >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dittoSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“dittoSeq”)

HTML	R脚本	注释scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	ggplot2
进口	方法,色彩(> = 1.4),gridExtra,cowplot,reshape2,pheatmapgrDevices,ggrepel,ggridges,统计,跑龙套,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,S4Vectors
链接
建议	情节,testthat,修拉(> = 2.2),DESeq2,刨边机,ggplot.multistats,knitr,rmarkdown,BiocStyle,scRNAseq,ggrastr(> = 0.2.0),ComplexHeatmap,咆哮,嘘,食物
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	逃避,tidySingleCellExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dittoSeq_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	dittoSeq_1.8.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	dittoSeq_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dittoSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dittoSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dittoSeq/
包下载报告	下载数据