deepSNV

DOI:10.18129 / B9.bioc.deepSNV

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅deepSNV。

检测subclonal SNVs深度测序数据。

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了提供了定量变量调用者在深海探测subclonal突变(> = 100 x报道)测序实验。deepSNV算法用于控制实验的比较设置相同的位点和使用beta-binomial模型和似然比测试区别测序错误和subclonal SNVs。海鸥算法计算变量的贝叶斯分类器基于beta-binomial模型调用多个样品精确估计模型参数,如当地的错误率和色散和先验知识,如从变异数据基地如宇宙。

作者:妮可Beerenwinkel(黑色),劳尔阿尔坎塔拉(施),大卫·琼斯(施),马德里Martincorena[所有],莫里茨Gerstung (aut (cre)

维护人员:莫里茨Gerstung <莫里茨。在ebi.ac.uk gerstung >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“deepSNV”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“deepSNV”)

PDF	R脚本	R包检测低频变异在深测序实验
HTML	R脚本	海鸥毫升
PDF	R脚本	Subclonal变体调用使用海鸥与多个样本和先验知识
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.42.1
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 2.13.0)、方法、图形、平行,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biostrings,VGAM,VariantAnnotation(> = 1.13.44)
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib(> = 1.13.1)
建议	RColorBrewer,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我	mitoClone2
建议我	GenomicFiles
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	deepSNV_1.42.1.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.42.1.zip
macOS二进制(x86_64)	deepSNV_1.42.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepSNV
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ deepSNV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
包下载报告	下载数据