cosmosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.cosmosR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cosmosR。

宇宙(因果导向的Multi-Omic搜索空间)

Bioconductor版本:3.15

宇宙(因果定向搜索Multi-Omic空间)是一种方法,集phosphoproteomics、转录组,和代谢组学数据集基于信号的先验知识,代谢和基因调控网络。它估计transcrption因素和激酶的活动,发现一个网络级的因果推理。因此,宇宙为跨mulit-omics实验观测数据集提供了机械的假设。

作者:Aurelien Dugourd (aut),阿提拉伽柏(cre),凯瑟琳娜Zirngibl (aut)

维护人员:<匈奴王阿提拉伽柏。伽柏在uni-heidelberg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cosmosR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	cosmosR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBiology,GeneSignaling,代谢组学,网络,通路,蛋白质组学,软件,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	狂欢节,多萝西娅,dplyr,GSEABase,igraph,进步,purrr,rlang,stringr跑龙套,visNetwork
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,钢琴,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/COSMOSR
BugReports	https://github.com/saezlab/COSMOSR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cosmosR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	cosmosR_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cosmosR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cosmosR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cosmosR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cosmosR/
包下载报告	下载数据