compcodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅compcodeR。

RNAseq数据模拟、微分表达式分析和微分表达式方法的性能比较

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了广泛的功能,比较不同方法获得的结果微分表达式RNAseq数据的分析。它还包含函数模拟计算数据。最后,它提供了方便的接口为执行微分表达式分析几个包。这些也可以用作模板建立和运行一个用户定义的差别分析工作流框架内的包。

作者:夏洛特Soneson (aut (cre)保罗·巴斯蒂德(aut)梅丽娜Gallopin (aut) (0000-0002-2431-7825)

维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compcodeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“compcodeR”)

HTML	R脚本	compcodeR
HTML	R脚本	phylocompcodeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本	1.32.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),sm
进口	tcltk,knitr(> = 1.2),减价,ROCR,晶格(> = 0.16),gplots,gtools,caTools、网格KernSmooth,质量,ggplot2,stringr,模式,刨边机,limma,vioplot、方法、统计跑龙套,猿,phylolm,matrixStats、grDevices、图形
链接
建议	BiocStyle,EBSeq,DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter,NOISeq,移行细胞癌,NBPSeq(> = 0.3.0),rmarkdown,phytools,phangorn,testthat,ggtree,tidytree,statmod,covr
SystemRequirements
增强了	rpanel,DSS
URL	https://github.com/csoneson/compcodeR
BugReports	https://github.com/csoneson/compcodeR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	compcodeR_1.32.1.tar.gz
Windows二进制	compcodeR_1.32.1.zip
macOS二进制(x86_64)	compcodeR_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compcodeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/
包下载报告	下载数据