compartmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.compartmap

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅compartmap

高阶染色质从scRNA-seq和scATAC-seq域推理在单个细胞

Bioconductor版本:3.15

Compartmap执行高阶染色质scRNA-seq和scATAC-seq的直接推论。这个方案实现了一个James-Stein估计计算单细胞水平高阶染色质域。进一步,我们利用随机矩阵理论作为一个方法来de-noise相关矩阵来实现类似“plaid-like”模式中观察到高c和scHi-C数据。

作者:本杰明·约翰逊(aut (cre)蒂姆Triche (aut),回族沈(aut) Kasper汉森(aut),让-菲利普•福丁(aut)

维护人员:本杰明·约翰逊<本。约翰逊在vai.org >

从内部引用(R,回车引用(“compartmap”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compartmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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HTML R脚本 高阶染色质与compartmap推理
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeq,表观遗传学,遗传学,RNASeq,SingleCell,软件
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,RaggedExperiment,BiocSingular,HDF5Array
进口 GenomicRanges、平行、网格ggplot2,reshape2,尺度,DelayedArray,rtracklayer,DelayedMatrixStats,矩阵,RMTstat
链接
建议 covr,testthat,knitr,Rcpp,rmarkdown,减价
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/biobenkj/compartmap
BugReports https://github.com/biobenkj/compartmap/issues
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包档案

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源包 compartmap_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 compartmap_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) compartmap_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compartmap
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/compartmap/
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