cliqueMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.cliqueMS

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cliqueMS。

注释的同位素,加合物和碎片将LC / MS代谢组学数据的加合物

Bioconductor版本:3.15

注释数据从液相色谱与质谱(LC / MS)代谢组学实验。基于网络算法(O。Senan a Aguilar车用汽油,m·纳瓦罗o .严,R。Guimera和m . Sales-Pardo,生物信息学,35 (20),2019),“CliqueMS”构建加权相似网络节点功能和边缘加权根据相似的特性。然后寻找最合理的相似性网络分成派系(完全连接组件)。最后它注释代谢物在每个小团体中,获得每个注释代谢物中性的质量及其特性,对应于同位素,电离加合物和碎片加合物的代谢物。

作者:Oriol Senan坎波斯(aut (cre),安东尼Aguilar-Mogas (aut),乔迪Capellades (aut),米里亚姆纳瓦罗(aut),奥斯卡燕(aut),罗杰Guimera (aut),玛尔塔Sales-Pardo (aut)

维护人员:Oriol Senan Campos < Oriol。在praenoscere.com senan >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cliqueMS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“cliqueMS”)

HTML	R脚本	注释与cliqueMS LC / MS数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,代谢组学,网络,NetworkInference,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.15),xcms(> = 3.0.0),MSnbase,igraph,qlcMatrix,matrixStats、方法
链接	Rcpp,黑洞,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown,testthat,相机
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	http://cliquems.seeslab.net
BugReports	https://github.com/osenan/cliqueMS/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cliqueMS_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cliqueMS_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	cliqueMS_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cliqueMS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cliqueMS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cliqueMS/
包下载报告	下载数据