chipenrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipenrich

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chipenrich。

基因集富集ChIP-seq峰值数据

Bioconductor版本:3.15

ChIP-Enrich Poly-Enrich执行基因集富集测试用山峰叫ChIP-seq实验。等混杂因素的实证方法纠正基因的长度,和周围的序列mappability基因。

作者:瑞安·韦尔奇(aut (cph) Chee李(aut),雷蒙德·g·Cavalcante (aut),凯王(cre),克里斯·李(aut),劳拉·j·斯科特(黑色),莫林·a .裁缝(黑色)

维护人员:雷蒙德·g·Cavalcante < rcavalca umich.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chipenrich”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	chipenrich_vignette
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,HistoneModification,ImmunoOncology,回归,软件
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,chipenrich.data,GenomeInfoDb,GenomicRanges、grDevices、网格IRanges,晶格,latticeExtra,质量、方法、mgcv,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db平行,plyr,rms,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.10),统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,devtools,knitr,rmarkdown,roxygen2,testthat
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chipenrich_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	chipenrich_2.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	chipenrich_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipenrich
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipenrich/
包下载报告	下载数据