celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅celda。

细胞潜在狄利克雷分配

Bioconductor版本:3.15

Celda贝叶斯层次模型是一套为集群单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)数据。它能够同时执行“bi-clustering”和集群基因到基因模块和细胞到细胞的亚种。它还包含DecontX,小说贝叶斯方法计算估计和删除单个细胞中RNA污染没有空滴信息。各种scRNA-seq数据可视化功能也包括在内。

作者:约书亚·坎贝尔(aut (cre),杨代(aut),哲王(aut),肖恩·科比特(aut) Yusuke四郎(aut)

维修工:约书亚坎贝尔< bu.edu >营

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“celda”)

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文档

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browseVignettes (“celda”)

HTML	R脚本	与celda单细胞基因组数据的分析
HTML	R脚本	估计和消除交叉污染环境与DecontX RNA在单细胞数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,聚类,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SingleCellExperiment,矩阵
进口	plyr,foreach,ggplot2,RColorBrewer、网格尺度,gtablegrDevices图形,matrixStats,doParallel,消化、方法、reshape2,S4Vectors,data.table,Rcpp,RcppEigen,uwot,enrichR,SummarizedExperiment,MCMCprecision,ggrepel,Rtsne,withr,嘘(> = 1.14.4),食物,dbscan,DelayedArray,stringr,ComplexHeatmap,multipanelfigure,circlize
链接	Rcpp,RcppEigen
建议	testthat,knitr,roxygen2,rmarkdown,biomaRt,covr,BiocManager,BiocStyle,TENxPBMCData,singleCellTK,M3DExampleData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	celda_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	celda_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	celda_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ celda
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
包下载报告	下载数据