cBioPortalData

DOI:10.18129 / B9.bioc.cBioPortalData

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cBioPortalData。

公开,使数据从cBioPortal web资源

Bioconductor版本:3.15

cBioPortalData R包访问门户从cBio癌症基因组学研究的数据集。它访问数据从预包装的zip / tar文件或从API接口,最近被cBioPortal数据实现团队。包可以提供数据表格格式或MultiAssayExperiment对象使用熟悉的Bioconductor数据表示。

作者:利沃尔德伦(aut),马塞尔•拉莫斯(aut (cre)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cBioPortalData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cBioPortalData”)

HTML	R脚本	cBioPortal数据构建错误
HTML	R脚本	cBioPortal快速启动指南
HTML	R脚本	cBioPortal用户指南
HTML	R脚本	从cgdsr迁移到cBioPortalData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	2.8.2
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),铁砧(> = 1.7.1上),MultiAssayExperiment
进口	BiocFileCache(> = 1.5.3)更正,消化,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,httr,IRanges、方法、readr,RaggedExperiment,RTCGAToolbox(> = 2.19.7),S4Vectors,SummarizedExperiment统计数据,宠物猫,tidyr,TCGAutils(> = 1.9.4),跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,生存,survminer,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/cBioPortalData/issues
取决于我
进口我	cbaf,LowMACA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cBioPortalData_2.8.2.tar.gz
Windows二进制	cBioPortalData_2.8.2.zip
macOS二进制(x86_64)	cBioPortalData_2.8.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cBioPortalData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cBioPortalData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cBioPortalData/
包下载报告	下载数据