biosigner

DOI:10.18129 / B9.bioc.biosigner

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅biosigner。

从组学数据签名的发现

Bioconductor版本:3.15

特征选择是至关重要的组学数据分析提取限制和有意义的分子签名从复杂和高维数据,并构建健壮的分类器。这个方案实现了一个新方法来评估的相关性的变量预测分类器的性能。的方法与PLS-DA可以并行运行,随机森林,SVM二元分类器。签名和相应的返回“限制”模型,使未来的预测新数据集。一个星系的实现方案可在Workflow4metabolomics.org在线计算代谢组学的基础设施。

作者:菲利普·里纳乌多(aut),艾蒂安a Thevenot (aut (cre)

维修工:艾蒂安a Thevenot <艾蒂安。在cea.fr thevenot >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biosigner”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	biosigner-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,FeatureExtraction,Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件,转录组
版本	1.24.2
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	CeCILL
取决于
进口	Biobase、方法、e1071grDevices图形,MultiAssayExperiment,MultiDataSet,randomForest,ropls统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BioMark,BiocGenerics,BiocStyle,golubEsets,hu6800.db,knitr,omicade4,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2016.00026
取决于我
进口我	multiSight
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biosigner_1.24.2.tar.gz
Windows二进制	biosigner_1.24.2.zip
macOS二进制(x86_64)	biosigner_1.24.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biosigner
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biosigner
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biosigner/
包下载报告	下载数据