airpart

DOI:10.18129 / B9.bioc.airpart

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅airpart

细胞类型特异的等位差不平衡

Bioconductor版本:3.15

Airpart识别组细胞类型特异的等位基因显示差不平衡跨细胞类型或状态,利用单细胞等位基因的数量。它利用广义融合套索的二项式的观察等位基因数划分细胞类型的等位基因不平衡。另外,非参数方法分区提供细胞类型。包包括一个可视化的数量和质量控制检查单细胞等位不平衡数据集的功能。

作者:Wancenμ(aut (cre)迈克尔·爱(aut,施莱)

维护人员:Wancenμ< Wancen live.unc.edu >

从内部引用(R,回车引用(“airpart”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“airpart”)

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HTML R脚本 微分与airpart等位不平衡
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细节

biocViews ATACSeq,CellBiology,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,质量控制,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,TranscriptomeVariant
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 4.1)
进口 SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,统计数据,蓝精灵,apeglm(> = 1.13.3),emdbook,mclust,线索,dynamicTreeCut,matrixStats,dplyr,plyr,ggplot2,ComplexHeatmap,forestplot,RColorBrewer,rlang,lpSolve、网格、grDevices图形,跑龙套,pbapply
链接
建议 knitr,rmarkdown,roxygen2(> = 0),testthat(> = 3.0.0),gplots,tidyr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Wancen/airpart
BugReports https://github.com/Wancen/airpart/issues
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包档案

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源包 airpart_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 airpart_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64) airpart_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airpart
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ airpart
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/airpart/
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