UCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.UCell

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅UCell

Rank-based签名浓缩为单细胞分析数据

Bioconductor版本:3.15

UCell是单细胞的方案评估基因签名数据集。UCell签名分数,根据Mann-Whitney U统计,健壮的数据集的大小和异构性,及其计算的要求比其他可用的方法减少计算时间和内存,支持大型数据集的处理在几分钟内甚至在机器有限的计算能力。UCell可以应用于任何单细胞数据矩阵,和包括功能直接与SingleCellExperiment和修对象交互。

作者:马西莫Andreatta (aut (cre)圣地亚哥·卡(aut)

维护人员:马西莫Andreatta <马西莫。在unil.ch andreatta >

从内部引用(R,回车引用(“UCell”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“UCell”)

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文档

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HTML R脚本 基因签名UCell得分
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CellBasedAssays,GeneExpression,GeneSetEnrichment,SingleCell,软件,转录组
版本 2.0.1
Bioconductor自 BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.1.0)
进口 方法,data.table(> = 1.13.6),矩阵,BiocParallel,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议 修拉,,scRNAseq,reshape2,拼接而成,ggplot2,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/carmonalab/UCell
BugReports https://github.com/carmonalab/UCell/issues
取决于我
进口我 逃避
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 UCell_2.0.1.tar.gz
Windows二进制 UCell_2.0.1.zip
macOS二进制(x86_64) UCell_2.0.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UCell
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ UCell
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/UCell/
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