TBSignatureProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TBSignatureProfiler。

配置文件使用结核病RNA-Seq数据通路的签名

Bioconductor版本:3.15

基因签名的结核病恶化、结核病和其他结核病国家已批准和发布。这个包裹骨料已知签名,并提供了计算工具争取他们的使用在其他数据集。TBSignatureProfiler便于概要文件使用这些签名,包括共同签名RNA-Seq数据分析工具,包括分配、GSVA, ssGSEA。原始模型对一些基因签名也可以。一个闪亮的应用提供了一些功能和详细的命令行可访问性。

作者:奥布里Odom-Mabey (cre aut, dtm)大卫·詹金斯(aut, org),Xutao王(aut),曰赵(施),基督教的爱(施),w·埃文约翰逊(aut)

维护人员:奥布里Odom-Mabey < aodom bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TBSignatureProfiler”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TBSignatureProfiler”)

HTML	R脚本	介绍TBSignatureProfiler
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	分配(> = 1.23.1),BiocGenerics,BiocParallel,ComplexHeatmap,DESeq2,DT,刨边机,gdata,ggplot2,GSVA,magrittr、方法、RColorBrewer,reshape2,rlang,ROCit,S4Vectors,singscore统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,脱字符号,circlize,类,covr,dplyr,e1071,glmnet,HGNChelper,嫁祸于,knitr,lintr,质量,plyr,pROC,randomForest,rmarkdown,闪亮的,拼写,股东价值分析,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfilerhttps://compbiomed.github.io/TBSignatureProfiler-docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TBSignatureProfiler_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	TBSignatureProfiler_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TBSignatureProfiler_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TBSignatureProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TBSignatureProfiler/
包下载报告	下载数据