SpatialDecon

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialDecon

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpatialDecon。

从空间和/或反褶积的混合细胞大部分基因表达数据

Bioconductor版本:3.15

使用空间或大量的基因表达数据,估计大量的混合细胞类型在每一个观察。基于“混合单元反褶积的进步使量化空间细胞类型的转录组数据”,Danaher (2022)。设计用于与NanoString GeoMx平台,但适用于任何基因表达数据。

作者:曼迪格里斯沃尔德(cre, aut],帕特里克Danaher (aut)

维护人员:曼迪格里斯沃尔德< mgriswold nanostring.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialDecon”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpatialDecon”)

HTML	R脚本	使用SpatialDecon GeomxTools GeoMx大型数据集
HTML	R脚本	使用在小GeoMx SpatialDecon dataet
HTML	R脚本	在一个空间中使用SpatialDecon转录组数据集
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction,GeneExpression,ImmunoOncology,软件,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	统计,grDevices跑龙套、图形SeuratObject,Biobase,GeomxTools,repmis、方法、矩阵
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,qpdf
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Nanostring-Biostats/SpatialDecon/issues
取决于我
进口我
建议我	GeomxTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpatialDecon_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialDecon_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SpatialDecon_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialDecon
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialDecon
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialDecon/
包下载报告	下载数据