DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅

Reference-Based单细胞RNA-Seq注释

Bioconductor版本:3.15

执行公正的细胞类型识别从单细胞RNA序列数据,利用参考转录组数据集的纯细胞类型推断出每个独立单细胞起源的细胞。

作者:Dvir亚兰(aut (cph),亚伦Lun(施,cre),丹尼尔Bunis[所有],贾里德·安德鲁斯(施),Friederike Dundar(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“单”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(单)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“单”)

HTML R脚本 注释scRNA-seq数据
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释,分类,聚类,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 SummarizedExperiment
进口 方法,矩阵,S4Vectors,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocNeighbors,BiocParallel,BiocSingular,统计,跑龙套,Rcpp,beachmat、并行
链接 Rcpp,beachmat
建议 testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocGenerics,SingleCellExperiment,天窗,,食物,scRNAseq,ggplot2,pheatmapgrDevices,gridExtra,冬青,celldex
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/LTLA/SingleR
BugReports https://support.bioconductor.org/
取决于我 OSCA。先进,OSCA。基本,OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我 singleCellTK
建议我 tidySingleCellExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SingleR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 SingleR_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64) SingleR_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/单
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网