SigCheck

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigCheck

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SigCheck。

检查基因签名的预后性能对随机签名,签名,和交换数据或元数据

Bioconductor版本:3.15

虽然基因签名经常用来预测表型(如预测预后的癌症患者),它并不总是清楚最佳的或有意义的(David Venet cf雅克·e·杜蒙特和文森特弯路的论文“大多数随机与乳腺癌相关基因表达特征明显的结果”)。基于论文的建议,SigCheck接受一个数据集(作为ExpressionSet)和基因签名,并比较其性能在生存和/或分类任务)随机长度相同的基因签名;b),相关和不相关的基因签名;和c)交换数据和/或元数据。

作者:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >和Justin Norden

维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SigCheck”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SigCheck”)

PDF	R脚本	检测基因表达与SigCheck签名对随机和已知的签名
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2.0),MLInterfaces,Biobase,e1071,BiocParallel,生存
进口	图形、统计、跑龙套,方法
链接
建议	BiocStyle,breastCancerNKI,qusage
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SigCheck_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	SigCheck_2.28.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SigCheck_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigCheck
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SigCheck
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SigCheck/
包下载报告	下载数据