ShortRead

DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.15

这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ShortRead”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	介绍ShortRead
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.54.0
Bioconductor自	BioC 2.3 (r - 2.8)(14年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallel,Biostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口	Biobase,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings,Rhtslib,zlibbioc
建议	BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	chipseq,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,esATAC,girafe,HTSeqGenie,NestLink,OTUbase,Rqc,segmentSeq,测序,systemPipeR
进口我	amplican,ArrayExpressHTS,basecallQC,击败,CellBarcode,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,dada2,easyRNASeq,FastqCleaner,哥特,icetea,电离,MACPET,诊断,QuasR,R453Plus1Toolbox,RSVSim,颈背,UMI4Cats
建议我	BiocParallel,CSAR,GenomicAlignments,HiCDataLymphoblast,平,Repitools,Rsamtools,S4Vectors,systemPipeRdata,yeastRNASeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ShortRead_1.54.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.54.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ShortRead_1.54.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ShortRead
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据