STRINGdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.STRINGdb

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅STRINGdb。

STRINGdb -蛋白质相互作用网络和功能富集分析

Bioconductor版本:3.15

STRINGdb包提供了一个R界面到字符串蛋白质相互作用数据库(https://string-db.org)。

作者:安德里亚•弗兰切斯基尼< andrea.franceschini在isb-sib.ch >

维护人员:达米安Szklarczyk <达米安。在imls.uzh.ch szklarczyk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“STRINGdb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“STRINGdb”)

PDF	R脚本	STRINGdb装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	网络,软件
版本	2.8.4
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.14.0)
进口	png,sqldf,plyr,igraph,RCurl、方法、RColorBrewer,gplots,哈希,plotrix
链接
建议	RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	PPInfer
进口我	coexnet,IMMAN,netZooR,pwOmics,日坛,XINA
建议我	epiNEM,GeneNetworkBuilder,马提尼,netSmooth,PCAN
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	STRINGdb_2.8.4.tar.gz
Windows二进制	STRINGdb_2.8.4.zip
macOS二进制(x86_64)	STRINGdb_2.8.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STRINGdb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ STRINGdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STRINGdb/
包下载报告	下载数据