SRAdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.SRAdb

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SRAdb。

从NCBI SRA编译的元数据和工具

Bioconductor版本:3.15

顺序读取存档(SRA)是最大的公共存储库测序数据从下一代测序平台包括罗氏454 GS系统,Illumina公司基因分析仪,应用生物系统公司固体系统,Helicos Heliscope,和其他人。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。SRAdb试图访问元数据和提交有关,研究样本,实验和运行更可行。这是通过NCBI SRA的所有元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。全文搜索在包使查询元数据非常灵活和强大。fastq和sra文件可以下载在本地进行对齐。在ftp协议,SRAdb功能支持fastp协议(从粗线连接ascp)更快的下载的长距离大型数据文件。SQLite数据库定期更新为新数据添加到SRA和可以随意下载最新的元数据。

作者:杰克朱和肖恩·戴维斯

维护人员:杰克朱< zhujack在mail.nih.gov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SRAdb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SRAdb”)

PDF	R脚本	使用SRAdb查询序列读取存档
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,测序,软件
版本	1.58.1
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	RSQLite,图,RCurl
进口	GEOquery
链接
建议	Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/
BugReports	https://github.com/seandavi/SRAdb/issues/new
取决于我
进口我
建议我	parathyroidSE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SRAdb_1.58.1.tar.gz
Windows二进制	SRAdb_1.58.1.zip
macOS二进制(x86_64)	SRAdb_1.58.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SRAdb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SRAdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SRAdb/
包下载报告	下载数据