SPsimSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPsimSeq

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SPsimSeq。

Semi-parametric散装和RNA单细胞测序数据的仿真工具

Bioconductor版本:3.15

SPsimSeq使用专门设计的指数对密度估计家庭结构的分布从一个给定的基因表达水平真正的RNA序列数据(单细胞或散装),随后模拟一个新的数据集使用Gaussian-copulas保留从边际分布估计基因之间的依赖。它允许模拟多个组和批次所需的样本量大小和图书馆。

作者:而minelik Takele Assefa (aut),奥利弗伴音音量(黑色),尤里斯最大经济产量(cre) Stijn Hawinkel (aut)

维护人员:约最大经济产量<尤里斯。最大经济产量在ugent.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SPsimSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SPsimSeq”)

HTML	R脚本	手册SPsimSeq包:semi-parametric模拟散装和单细胞RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据、方法SingleCellExperiment,fitdistrplus、图形、刨边机,Hmisc,WGCNA,limma,mvtnorm,phyloseq,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,迷幻药,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CenterForStatistics-UGent/SPsimSeq
取决于我
进口我
建议我	benchdamic
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SPsimSeq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SPsimSeq_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SPsimSeq_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPsimSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SPsimSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SPsimSeq/
包下载报告	下载数据