海绵
DOI:10.18129 / B9.bioc.SPONGE
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅海绵。
稀疏的部分基因表达的相关性
Bioconductor版本:3.15
这个包提供了一些方法有效检测竞争力内生RNA两个基因之间的相互作用。这种相互作用是由一个或多个microrna基因和microrna的表达数据,需要大量的样本作为输入。现在的海绵包还包括spongEffects:龙头、模块提供特定的见解microrna的监管环境。
作者:马库斯列表(aut (cre)
马库斯•霍夫曼(aut)
维修工:马库斯列表<马库斯。在tum.de列表>
从内部引用(R,回车引用(“海绵”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“海绵”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“海绵”)
| HTML | R脚本 | 海绵装饰图案 |
| HTML | R脚本 | spongEffects装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression,GeneRegulation,MachineLearning,NetworkInference,RandomForest,回归,软件,SystemsBiology,转录,转录组 |
| 版本 | 1.18.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | R (> = 3.6) |
| 进口 | Biobase统计数据,ppcor,日志记录,foreach,doRNG,data.table,质量,expm,gRbase,glmnet,igraph,迭代器,tidyverse,脱字符号,dplyr,biomaRt,randomForest,ggridges,cvm,miRBaseConverter,ComplexHeatmap,ggplot2,MetBrewer,rlang,tnet,ggpubr,stringr,tidyr |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,knitr,rmarkdown,visNetwork,ggrepel,gridExtra,消化,doParallel,bigmemory |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | miRspongeR |
| 建议我 | mirTarRnaSeq |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SPONGE_1.18.1.tar.gz |
| Windows二进制 | SPONGE_1.18.1.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SPONGE_1.18.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPONGE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/海绵 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SPONGE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
