击杀
DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅击杀。
Significance-based模块集成表观基因组和转录组
Bioconductor版本:3.15
这个包构建在Epimods框架,有助于发现加权子网(“模块”)Illumina公司英飞纳姆27 k数组使用SpinGlass算法,实现在iGraph包。我们已经创建了一个类基因中心与假定值相关联的注释和效应的大小和分数从任何研究人员之前统计结果发现功能模块。
作者:安德鲁·达蒙约翰斯顿尼尔·阿里Wijetunga约翰·默里Greally
维修工:尼尔·阿里Wijetunga < nawijet gmail.com >,安德鲁·达蒙约翰斯顿<安德鲁。约翰斯顿在med.einstein.yu.edu >
从内部引用(R,回车引用(“击打”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“击打”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“击打”)
| R脚本 | 击打教程 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology |
| 版本 | 1.24.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.5),GenomicRanges |
| 进口 | 尺度,plyr,Hmisc,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ggplot2,reactome.db,KEGGREST,生命网络,goseq、方法、IRanges,igraph,Biobase、工具、S4Vectors,geneLenDataBase、grDevices图形、属性、跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/GreallyLab/SMITE |
| BugReports | https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SMITE_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SMITE_1.24.0.zip(64位) |
| macOS二进制(x86_64) | SMITE_1.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/击打 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SMITE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
