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Bioconductor版本:3.15
全基因组单细胞DNA测序(scDNA-seq)允许拷贝数概要的描述在细胞水平。这避免了与bulk-tissue测序相关的平均影响,增加了解决减少歧义deconvolving癌症积累和阐明癌症的进化史。然而,ScDNA-seq数据稀疏,吵闹,甚至高度变量在一个均匀的细胞群,由于偏见和工件在图书馆准备和测序过程中引入的。在这里,我们建议范围、规范化和拷贝数估计方法scDNA-seq数据。范围的特点包括:(1)利用特异性基尼系数对质量控制和识别/正常的二倍体细胞,进一步应用负控制样品在泊松模型规范化潜在因素;(2)建模的GC含量偏差使用采用算法嵌入到泊松广义线性模型,占不同的基因组拷贝数州;(3)问询迭代分割过程确定断点在细胞中共享相同的遗传背景。
作者:如金王、林Danyu江刘宇超(音)
维护人员:如金王<如金在email.unc.edu >
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HTML | R脚本 | 范围:单细胞拷贝数估计 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,归一化,质量控制,测序,SingleCell,软件,WholeGenome |
版本 | 1.8.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.6.0),GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
进口 | 统计,grDevices,图形,跑龙套,DescTools,RColorBrewer,gplots,foreach平行,doParallel,DNAcopy,BSgenome,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,WGSmapp,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,testthat(> = 2.1.0的) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
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建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
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源包 | SCOPE_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | SCOPE_1.8.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | SCOPE_1.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCOPE |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/范围 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SCOPE/ |
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